El equilibrio de un ecosistema puede quedar influenciado por un exceso de residuos de materia orgánica, sin embargo, la mayor amenaza de un biotopo reside en determinadas sustancias tóxicas o contaminantes, procedentes de actividades agrícolas, ganaderas, industriales o domésticas, tales como insecticidas, herbicidas, etc., que son rociadas sobre las plantas o incorporadas al suelo mediante aguas de riego.

Uno de los insecticidas más utilizado que actúa por simple contacto ha sido el DDT (diclorodifeniltricloroetano), utilizado masivamente muchos años atrás como plaguicida en la fumigación de pequeñas y grandes extensiones de cultivos. Resulta muy tóxico para los animales que se alimentan de las plantas tratadas y también para el hombre. Es un insecticida polivalente, de acción residual muy prolongada, pero de elevada toxicidad. Hoy en día está prácticamente prohibido en todos los países desarrollados. Aunque existen sustitutos que pueden ser metabolizados por los animales, como los compuestos denominados organofosforados, éstos afectan no obstante al sistema nervioso. En su lugar se usan otros compuestos denominados piretroides, los cuales deben ser utilizados de todas formas con precaución, pues aunque inocuos para los mamíferos, no lo son para los peces, que podrían verse afectados a través de cursos de agua subterráneas o superficiales cercanas a los campos de cultivo.

Nuevas técnicas genéticas intentan conseguir especies resistentes a la acción parasitaria, a la vez que que se desarrollan bio-insecticidas que permiten una acción selectiva, evitando afectar a la planta cultivada o al suelo; se trata de los bioplaguicidas, cuya técnica consiste en la introducción de organismos vivos específicos, que atacan y eliminan los parásitos de las plantas a tratar.

Los insecticidas no son los únicos agentes contaminantes, también los herbicidas suponen una amenaza para los vegetales y el suelo. Se trata de sustancias químicas utilizadas para eliminar las hierbas nocivas que crecen en las zonas de sembrados, las cuales pueden ser tóxicas en ciertas condiciones. La aplicación de estos productos requiere ciertos cuidados para que no se vean afectadas las plantas que se trata de proteger; así, si se aplican directamente sobre las semillas, actuará antes sobre las hierbas nocivas eliminándolas, desapareciendo el efecto tóxico cuando las semillas hayan germinado y empiecen a desarrollarse.

Pero no sólo la actividad agrícola es fuente de contaminación del suelo, también la industrial, ganadera y la proveniente de residuos urbanos. La naturaleza diversa de los compuestos que se originan en estas áreas, son ecológicamente imprevisibles. La capacidad de difusión, disolución o reacción (por exceso o por defecto) de las partículas emitidas es notable. De hecho, si los compuestos son solubles se incorporan a las plantas y a los animales que las ingieren; ejemplo de los metales como el mercurio, plomo, cadmio, níquel, etc. (en ciertas condiciones el mercurio puede permanecer en el suelo durante un largo periodo de tiempo). Por otro lado, si los compuestos no son solubles permanecen en el suelo retenidos sin poder ser procesados eficazmente por las redes tróficas, salvo en ciertas condiciones de acidez del terreno. Cuando la contaminación es efectiva y los mecanismos naturales de depuración quedan saturados, se produce una paulatina desaparición de las especies vegetales y animales, y en casos extremos a la transformación en un suelo totalmente estéril.

Cuando un suelo ha sido contaminado la tarea de recuperación es altamente costosa y compleja. Las técnicas utilizadas son de tipo biológico, químico o eléctrico. El procedimiento biológico se basa en introducir bacterias que tienen la capacidad de degradar el sustrato; el químico es introduciendo componentes que equilibran el exceso de otros productos, o reaccionan con ellos generando un tercer elemento inocuo; el eléctrico consiste en crear un campo eléctrico entre dos electrodos para que los contaminantes se concentren en uno de ellos.

Aun cuando el suelo tiene una alta capacidad de regenerarse a sí misma, los desechos de las actividades humanas deben incorporarse a los suelos en pequeñas cantidades, y aún así, ausentes de productos no biodegradables. Por otro lado, aún cuando los productos que se desechan cumplan con esa condición, la acumulación reiterada en el mismo lugar traería consigo la creación de vertederos, y consigo la incapacidad del suelo y el entorno para procesarla.