Durante la segunda invasion inglesa y caida la ciudad de Montevideo, Sobremonte, que habia llegado para organizar la defensa, se retiro con algunas fuerzas "en los momentos de mayor peligro, poniendo asi de manifiesto nuevamente su ineptitud y cobardia". Esta caida, hizo que Buenos Aires extremase las medidas defensivas, y la reincidente cobardia de Sobremonte le indigno, exigiendose la destitucion y castigo del Virrey.
El 6 de febrero el pueblo de Buenos Aires volvio a reunirse "tumultuosamente" a las puertas del Cabildo, como lo habia hecho el 14 de agosto de 1806, pidiendo que se convocase un Cabildo Abierto a fin de juzgar a Sobremonte. El organizador principal de esta agitacion era el Alcalde de primer voto, don Martin de Alzaga, "cuya personalidad habia adquirido merecido prestigio".
Consultada la Audiencia declaro que para dar satisfaccion a la demanda del pueblo, se podria exigir al Virrey que delegara el mando a su favor; pero como surgieran desavenencias entre esta y el Cabildo, el jefe militar de la ciudad, don Santiago de Liniers, decidio convocar una Junta de Guerra para tomar decisiones.
A la Junta de Guerra fueron invitados los vecinos mas caracterizados de la ciudad, los miembros de la Audiencia, del Cabildo, del Tribunal de Cuentas y del Consulado, y las autoridades eclesiasticas y principales jefes militares, reuniendose en el fuerte el 10 de febrero de 1807.
Despues de deliberar sobre la actitud que debia asumirse con respecto al Virrey, la Junta resolvio suspenderlo, entregando el mando politico y militar del Virreinato a la Real Audiencia. Dispuso ademas la detencion de Sobremonte que poco despues fue apresado y retenido en un convento de Buenos Aires, hasta que se le traslado a España, con el fin indicado, al finalizar el año 1809.

Al comentar lo resuelto por la Junta de Guerra del 10 de febrero de 1807, el general Mitre dice: «Era, que, en efecto, el poder colonial habia caducado de hecho y la revolucion seguia su camino». "En verdad la actitud del pueblo de Buenos Aires ante la reincidente cobardia del Virrey, implicaba que se sentia capaz de exigir que se velase mejor por su suerte, presionando para obtener la destitucion -porque en realidad no se hizo otra cosa- nada menos que del representante del Rey en el gobierno del Virreinato. Ciertamente, la revolucion estaba en marcha"

Santiago de Liniers

Alzaga apenas sobreviviria por dos años a Santiago de Liners, heroe de la Reconquista

Seria fusilado a las tres de la tarde del 26 de agosto de 1810 en un bosquecillo llamado "Monte de los Papagayos" en Cabeza del Tigre, localidad proxima a Cruz Alta, departamento de Marcos Juarez, provincia de Cordoba

Liniers, habia encabezado la "contrarrevolucion" desde Cordoba apenas conocidos los sucesos de Mayo. La Junta invito al gobernador Gutierrez de la Concha a desistir de su actitud "n la inteligencia de que el mismo sera victima de los males que sobrevengan, sin que pueda alegar ignorancia".

Los preparativos de Liniers fueron denunciados por el dean Funes, lo que permitio que la expedicion de Ortiz de Ocampo desarticulara sus fuerzas. Ya el 28 de julio la Junta habia dictado sentencia de muerte: la sentencia debia cumplirse "en el momento en que todos o cada uno de ellos sean pillados, sean cuales fueren las circunstancias, sin dar lugar a minutos que proporcionasen ruegos y relaciones capaces de comprometer el cumplimiento de esta orden".

Ortiz de Ocampo, impresionado por la actitud del clero y de cierto numero de vecinois que le presentaron un petitorio de gracia, resolvio de acuerdo con Vieytes y Funes, remitir los reos a Buenos Aires. Al saberlo la Junta dispuso la partida de Castelli al frente de un piquete, mandado por Juan Ramon Balcarce, con la consigna de "fusilar los presos donde los encuentre".

"Vaya usted -dijo Moreno a su colega-, y espero que no incurrira en la misma debilidad que nuestro general. Y si todavia no se cumpliese la determinacion tomada, ira el vocal Larrea, a quien pienso no faltara resolucion; y por ultimo ire yo mismo si fuese necesario"

Ocampo fue separado del cargo, en noviembre de ese mismo año